hic实验固定条件 -凯发k8网页登录

    高通量染色质相互作用(hi-c ) 实验属于染色体空间结构的技术。该技术包括许多步骤，使用化学交联、dna剪切和高通量测序等方法来检测染色体内两个位置之间的距离和频率。下面是 hi-c 实验中的一些主要固定条件：

    细胞固定：在 hi-c 实验中，需要对细胞进行化学交联。通常使用甲醛作为交联剂，将细胞群体固定在特定时间点内。甲醛浓度、交联时间和温度等因素对实验结果有很大影响。

    dna 剪切：完成细胞固定后，需要将 dna 剪切成片段并标记。原则上，dna 应该均匀剪切，并且剪切后的片段长度应该适当。常见的限制性内切酶有 mboi、hindiii、dpnii、ncoi 等。

    连接：将剪切的 dna 片段进行连接。这里使用的连接剂通常是 t4 dna 链接酶。

    逆交联：连接完成后，需要进行逆交联，以去除甲醛交联后形成的共价键。逆交联条件应该适当，避免 dna 链断裂或其他影响测序数据准确性和可靠性的情况发生。

    提取和高通量测序：逆交联后，需要将 dna 片段进行纯化并进行高通量测序。此过程中需要注意 dna 片段的质量和浓度，以及如何根据实验设计选择合适的 ngs 平台和方法。

    hi-c 实验的固定条件很多，涉及到化学交联、dna 剪切、连接、逆交联以及高通量测序等多个环节。应该针对实验目标和可能的影响因素进行优化和调整。