rip-qpcr

rip qpcr实验|rip分子互作|蛋白纯化服务 -凯发k8网页登录

  • rna-蛋白质相互作用
  • 非编码rna和编码rna
  • 高灵敏度
  • 高特异性

服务特色

rip技术是研究rna-蛋白质相互作用的重要工具,它可以揭示rna和蛋白质之间的功能关系、调控机制以及在疾病发生和发展中的作用。根据客户需求,金开瑞可以提供rna/蛋白、rna/rna互作验证rip技术服务。

服务介绍

rip技术(rna binding protein immunoprecipitation assay,rna 结合蛋白免疫沉淀)主要是运用针对目标蛋白的抗体把相应的rna-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的rna 进行q-pcr验证或者测序分析。rip 是研究细胞内rna与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,可以帮助我们发现mirna的调节靶点。

服务优势

  • 高灵敏度和高特异性:rip技术能够高度富集rna和与之相互作用的蛋白质,具有较高的灵敏度和特异性
  • 低样本量要求:rip技术可以在较少的细胞或组织样本中进行实验,减少实验成本和样本需求
  • 适用于多种rna种类:rip技术适用于不同类型的rna研究,包括长链非编码rna和编码rna
  • 不需要事先了解rna-蛋白质相互作用的信息:可用于探索未知的rna-蛋白质相互作用
  • 可量化分析:rip技术可以进行定量分析,评估不同条件下的相互作用的强度和稳定性
  • 结合其他技术的联合应用:rip技术可以与其他技术相结合,如rna测序、蛋白质组学和转录组学等,进行综合分析,深入揭示rna-蛋白质相互作用的功能和调控机制

服务流程

载体构建及转染
细胞裂解液获取
磁珠的准备
rna结合蛋白免疫沉淀
rna 纯化
rna反转录及cdna 验证(若需测序分析请另外咨询)
数据分析及figure制作

客户提供

目的蛋白抗体(可用于ip)及其说明书;

需检测的细胞样品;

目的基因、目的蛋白信息。

最终交付

  • 原始数据、结果图片(包括阴性对照结果);
  • 标准实验报告(包括详细的材料与方法);
  • sci标准result figure。

服务说明

服务名称 服务内容 交付内容及标准 服务周期(工作日)
rip-q-pcr
(protein-rna)
rip前wb 1个样本,1个抗体 20
rip 富集2次:igg、ip各1次
rip后wb igg,ip,input各1次
qpcr igg,ip,input各1个泳道
ago2-rip
(mirna-rna)
qpcr检测目的rna 的本底表达 含mirna过表达和对照组,每组含igg、ago、input检测 28
rip 富集2次:igg、ip各1次
qpcr igg,ip,input各1个泳道

案例展示

常见问题与解析 (q&a)

q:rip试验主要应用哪些方面?

(1)已知蛋白与已知rna互作qpcr验证;已知蛋白与未知rna互作二代测序筛选。 (2)已知rna与已知rna互作qpcr验证;已知rna与未知rna互作二代测序筛选。

q:rip可以分提核浆的rna-蛋白质复合物吗?

理论上,可以采用能分别抽提核浆蛋白的蛋白抽提kit先分离样本,再进行rip实验。但需要特别注意的是所用kit中的reagent不能有rnase和dnase,以及要能与下游的抗体beads孵育兼容。

相关技术服务

● 酵母单杂交           ● 双荧光素酶报告系统          ● emsa

● co-ip                  ● rna pull-down                ● dna pull-down

● chip-qpcr          ● 酵母双杂交                        ● cut&tag

 

rip试剂盒

相关资源

1、rip技术的实验步骤

    ● 细胞提取:从细胞中提取总蛋白质,包括rna结合蛋白质

    ● 免疫共沉淀:将提取的细胞蛋白质与特异性抗体结合,形成免疫复合物

    ● 沉淀:使用蛋白a/g磁珠等具有亲和性的材料,将免疫复合物沉淀下来

    ● 洗涤:通过洗涤步骤去除非特异性结合的蛋白质

    ● 逆交联:将免疫复合物与rna解离,并逆交联,释放rna分子

    ● rna提取:从逆交联的样品中提取rna

    ● 分析:对提取的rna进行定量pcr、rna测序或其他rna分析方法,用于鉴定与特定rna相互作用的蛋白质

 

2、rip技术的应用

    ● rna调控网络的研究:rip技术可以帮助我们揭示rna-蛋白质相互作用在基因调控中的作用。通过鉴定与特定rna相互作用的蛋白质,我们可以了解rna的转录、剪接、稳定性和翻译等方面的调控机制,从而揭示rna调控网络的复杂性和动态性。

    ● 疾病相关的rna-蛋白质相互作用研究:rip技术可以用于研究与疾病相关的rna-蛋白质相互作用。通过比较疾病样本和正常样本中的rna-蛋白质相互作用,我们可以发现与疾病发生和发展密切相关的rna-蛋白质相互作用,从而提供新的疾病诊断和治疗靶点。

    ● 新型rna结合蛋白质的发现:rip技术可以帮助我们发现新的rna结合蛋白质。通过鉴定与特定rna相互作用的蛋白质,我们可以发现那些在传统方法中未被发现的rna结合蛋白质,从而揭示更多未知的rna功能和调控机制。

    ● rna-蛋白质相互作用在药物研发中的应用:rip技术可以在药物研发过程中发挥作用。通过研究特定药物对rna-蛋白质相互作用的影响,我们可以评估药物的效果和安全性,为药物研发提供重要的信息和指导。

 

3、rip实验结果不如预期如何优化

(1)低信号强度:如果rip实验的信号强度较低,可能是由于以下原因:

     ▶ 优化抗体浓度:尝试调整抗体的浓度,增加或减少抗体的用量,以获得更好的信号与噪音比。

     ▶ 增加孵育时间:延长孵育时间可以增加目标rna和蛋白质的结合,从而提高信号强度。

     ▶ 优化实验条件:调整反应温度、缓冲液成分等实验条件,以最大化结合效率。

 

(2)高背景噪音:如果rip实验存在较高的背景噪音,可能需要考虑以下优化措施:

     ▶ 优化洗涤步骤:增加洗涤步骤的次数和强度,以有效去除非特异性结合物质,减少背景噪音的干扰。

     ▶ 优化抗体选择:确保选择具有较低非特异性结合能力的抗体,以减少背景信号。

     ▶ 增加阴性对照:引入适当的阴性对照,如使用非特异性抗体或非相关rna序列,以帮助区分真实信号和背景噪音。

 

(3)非特异性结合:如果rip实验存在非特异性结合问题,可以尝试以下优化策略:

     ▶ 优化洗涤条件:增加洗涤缓冲液的浓度和洗涤时间,以更彻底地去除非特异性结合物质。

     ▶ 使用更严格的阴性对照:选择更具特异性的阴性对照,确保它与目标rna不存在相互作用。

     ▶ 预实验和对照实验:进行预实验和对照实验,以验证特异性结合并排除非特异性结合的影响。

 

(4)结果不一致或不可重复:如果rip实验结果在重复实验中存在不一致或不可重复的问题,可以考虑以下优化措施:

     ▶ 增加实验重复次数:增加实验的重复次数,以提高结果的一致性和可靠性。

     ▶ 核对实验步骤:仔细核对实验步骤,确保实验操作的一致性和准确性。

     ▶ 校准实验条件:重新校准实验条件,包括反应时间、温度和孵育条件等,以确保实验的可重复性。

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