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走近craig venter创办的长寿公司，探秘科学怪人们的最新进展
文章来源：生物探索
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发布时间：2017-06-08 10:57
导读：“科学怪人”craig venter创办human longevity公司。human longevity有一个宏伟愿景：一年内对100,000个人的基因组进行测序，通过建立在基因组背景上的医疗模式将医疗运作朝着预防转变。
在生物界素有“科学怪人”“坏小子”等称号的生物学家craig venter，是人类基因组测序先驱，他使用“散弹定序法”对人类基因组草图完成做出重大贡献。同时，venter也是一名企业家。他是塞雷拉基因组公司（celera genomics）的创办人与前任总裁，是克莱格•凡特研究所（j. craig venter institute，由tigr所建立）的主席。2005年，他与其它人合伙建立了合成基因组公司（synthetic genomics），专门以经过改造的微生物生产作为替代燃料的乙醇（酒精）与氢。
2014年3月，craig venter创办human longevity公司，总部设立在圣地亚哥。human longevity有一个宏伟愿景：一年内对100,000个人的基因组进行测序，通过建立在基因组背景上的医疗模式将医疗运作朝着预防转变。venter表示，他的目标不一定是延长寿命，而是拓宽更健康、高效率的寿命。
公司以8000万美元的初始资金开始运作，venter预计可以维持18个月。在里程碑前夕，bio•it world的编辑allison proffitt关于human longevity第一年的收成及数据库构建情况采访了hli公司的首席信息主管yaron turpaz。
yaron turpaz，hli公司的首席信息主管。凭借在阿斯利康（astrazeneca）、礼来（eli lilly）丰富的信息研发经验加入hli。主要负责：构建和拓宽公司基因组和表观学数据库；领导生物信息学和软件工程的开发；扩大hli加州驻点的信息学项目；构建hli新加坡驻点的计算机和信息学项目硬件和软件系统。
记者：作为首席信息官，你在hli的职权和责任重大，在你构想里human longevity有什么发展预期？
yaron turpaz：我们正在尝试的目标是将医疗保健简易化。我们预计将医疗朝着预防转变。到那个时候，当你生病了，就不仅仅是传统意义上的看医生，而是借助基因组数据定义基准、评估风险和跟踪确切的早期峰值变化从预防的角度解读疾病。
另外，我们做的很多工作都将被用于未知疾病的发现、生物标记物的发现、患者分级护理。我们工作的核心是建立成千上万的基因组数据库，并与大规模微生物组学和代谢组学结合。可能的话，数据库也期望与完整的人体核磁共振成像（mri）和其他化验关联。我们将尝试整合这些信息进行下游分析——通过精确的统计和多维数据赶超传统的信息学分析。
记者：数据库构建的目的是什么？
yaron turpaz： 我们创建了世界上最大的测序规模。目前，我们有能力每年以30x测序深度对40,000个全基因组进行测序。我们从illumina公司购得24台hiseq x10测序仪。这些设备最初的设想只是用于实验室，同步计算机和信息系统，以前所未有的规模和速度处理大量数据。大多数情况都基于云计算，所以我们尝试尽可能使用云服务器。
基本上，测序仪提供数据，由emc isilon存储打包，上传至云服务器，用于下游的数据分析和实践。
我们已经与genentech达成合作关系，且目前正在商讨与其他制药公司的合作。依据签署很多重要合同的需求，我们将扩大测序深度和仪器设备。 我们正在构建商业化的hli数据库，不同的公司都可以订购，以便提炼数据和寻求企业转型。
记者：你提到预计整合人类基因组测序、微生物基因组测序、全身核磁共振成像这些数据用于下游分析，但是公司从哪里获得数据呢？
yaron turpaz：当我们建立起大型的合作，我们保留对数据的权限，所以不是你提供样品，就能获得你的数据。只有当样品具备高质量的表型和临床数据，我们才会进行测序，测序结果会自动合并入hil数据库。这是数据库的主要来源。
另外，我们通过与制药公司合作改变临床试验的标准，从而使得数据库能够匹配任何类型的临床试验。你可以想象，未来每一个临床病人都有一套完整的基因组数据。
记者：craig venter曾说过，公司开始对人脸进行3d扫描，这种数据符合入库标准吗？
yaron turpaz：我们招募了1000志愿者开始这个项目。对脸部信息收集，结合他们基因组数据和其他相关参数进行分析。这仅仅是个开始。今年，我们在圣地亚哥启动首个 hli“健康俱乐部”，作为对个人进行完整全基因组分析、全身mri和其他详细表型数据采集的开始。
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